История храма восходит к 1374 г. По коломенскому преданию, преподобный Сергий Радонежский, идя от Голутвина монастыря вверх по Оке, пристал к берегу и открыл здесь источник, который с тех пор называется Сергиевым или Святым колодцем и существует вопреки неоднократным попыткам его уничтожить.
Первоначально село принадлежало причту Успенского кафедрального собора Коломны. В XVI в. оно перешло в собственность Коломенского епископа. В XVII в. в селе Протопопово стояла деревянная Троицкая Церковь. В писцовой книге 1684-1686 гг. читаем: «За преосвященным архиепископом Коломенским и Каширским старая домовая вотчина село Протопопово на овраге. Того села церковь Живоначальныя Троицы древянна у Оки реки на берегу. Во дворе поп тоя церкви Степан Семенов, во дворе дьячок Андрей…» Каменная Троицкая церковь в селе Протопопово, ныне утраченная, была построена в 1805 г. на средства прапорщика Петра Васильевича Селиверстова, владельца соседнего села Щепотьева. Храм был полностью перестроен в 1894 — 1897 гг., при этом появились приделы Святогорской иконы Божией Матери и Преподобного Андрея Критского, строительство велось по проекту архитектора Дмитрия Евгеньевича Виноградова (1862-1926) на средства владельца пароходов и барж Андрея Салтыкова, а также И.А. и М.Б. Салтыковых. 25 января 1898 г. храм был освящен.
В 1805 г. тщанием прапорщика П.В.Сельверстова, владельца соседнего села Щепотьева, был выстроен небольшой каменный Троицкий храм классического стиля, с колокольней.
В 1897 г. усердием семьи Летниковых, Андрея Салтыкова и других троицких прихожан построили новую, краснокирпичную церковь с белокаменной отделкой и шатровой колокольней. По отзывам современников, это был один из красивейших образцов неорусского храмового стиля в Коломенском уезде. Боковые четыре главы храма были поставлены не по углам четверика, а на середине каждой стены вокруг центральной главы.
Кроме главного алтаря во имя Пресвятой Троицы, церковь имела еще два придела: в честь Святогорской иконы Божией Матери и во имя преподобного Андрея Критского.
В 1930-е гг. храм закрыли. Двое его настоятелей были расстреляны: протоиерей Виктор Смирнов — 8 декабря 1937 г., священник Иоанн Калабухов — 26 февраля 1938 г. Ныне они прославлены в Соборе новомучеников и исповедников Российских. Староста церкви Иоанн Леонтьевич Летников умер 25 октября 1930 г. в ссылке. Он канонизирован как исповедник.
В 1940-е гг. Троицкий храм был разрушен.
В 1997 г. была воссоздана православная община. 3 марта 2003 г. освящена вновь выстроенная небольшая деревянная церковь во имя преподобного Сергия Радонежского. Этот крестильный храм — памятник 825-летию Коломны — создан по проекту коломенского архитектора Константина Ломакина.
Новая святыня поставлена на другом месте — в середине села, на берегу Протопоповского оврага. Здесь же, рядом, начато строительство большего по размерам каменного храма во имя Живоначальной Троицы. В 2018 г. завершено строительство и отделка каменного храма во имя Святой Троицы. 9 декабря 2018 г. митрополит Ювеналий совершил великое освящение Троицкого и Сергиевского храмов города Коломны (бывшее село Протопопово) и возглавил Божественную литургию в новоосвященном Троицком храме.
Источники:
1. Великое освящение Троицкого и Сергиевского храмов в Протопопово города Коломны // https://mosmit.ru/news/2018/12/09/108478/
2. Церковь Пресвятой Троицы (г.Коломна, с.Протопопово) // https://xn—-ctbinidhijhbq0f2d.xn--p1ai/Cerkov-Presvyatoy-Troici-v-Protopopovo-Kolomna.htm
3. История Троицкого храма // //svttroickolmna.gradblagokolomna.ru/istoriya-xrama/